随着科学的进步与基因治疗方法的建立，基因兴奋剂的使用已成为可能，但检测运动员是否使用过基因兴奋剂则非常困难。虽然可以从蛋白质组学检测发现其踪迹，但检测基因一般需要运动员身体组织样本，这涉及是否尊重运动员的问题。另外，目前的检测技术还无法跟上基因改造的步伐。